Никола Парапунов е роден на 1 јули 1909 година во Разлог, во семејство на шивачки работник. По завршувањето на основното образование, го продолжува школувањето во техничкото училиште во Софија, градежна насока.
Уште како ученик се приклучува на Комунистичката младина (Комсомол), а по враќањето во родниот град соработува со ВМРО (об.) и активно се вклучува во работничкото движење. Во 1931 година станува член на Бугарската комунистичка партија (БКП), а следната година е дел од окружното раководство во Петрич.
Поради својата комунистичка активност, во 1933 година е уапсен и осуден на 15 години затвор. Во затворот, Парапунов одржува предавања и раководи кружоци, особено фокусирани на македонското национално прашање.
По ослободувањето во 1941 година, тој преминува во илегала и станува еден од првите партизани во Пиринскиот дел на Македонија, организирајќи ја Разлошката партизанска чета, првата вооружена партизанска формација во Бугарија.
Како лидер на партизанското движење, Парапунов го иницира создавањето на партизански одреди во Пиринска Македонија и ја организира првата вооружена борба против фашистичките окупациски сили на Балканот.
По основањето на Отечествениот фронт (ОФ) во 1942 година, активно работи на развојот на неговите структури, додека останува секретар на Окружниот комитет на БКП и на IV востаничка оперативна зона. Неговите идеи за обединување на македонските партизански движења го доведуваат во судир со Централниот комитет на БКП.
На почетокот од 1943 година, Парапунов станува член на ЦК на БКП, но во декември истата година загинува во заседа организирана од бугарската војска и полиција кај селото Бараково. По неговата смрт, Разлошкиот партизански одред го носи неговото име, а македонскиот народ ја испеа песната „Имала мајка едно ми чедо“ во негова чест.